open_data_donnees_ouvertes/evaluating_edna_sampler_marine

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We evaluated an autonomous environmental DNA sampler produced by Dartmouth Ocean Technologies Inc (Dartmouth, Canada) compared to time-at-sample filtration in the laboratory to determine the performance of moored samplers for monitoring in the marine world. We deployed three autonomous samplers from DOT in the Bedford Basin (Canada) over a nine-week period in summer/fall 2023. The samplers filtered seawater in situ at programmed interviews over this time period, and we collected contemporaneous samples with a standard vacuum pump during each sampling period. Both eDNA sample types captured similar fish diversity, including typical diversity for the Northwest Atlantic. The invertebrate community detected using the COI marker was different between each sample type, likely due to differences in filter pore size. We found biofouling on the moored samplers was minimal over the study period, even in a high-traffic area such as the Bedford Basin, likely due to the relatively short experimental period, and copper screening covering in the inlet and outlet valves of the instruments. Overall, our results show promise to deploy autonomous eDNA samplers in marine conservation areas to contribute to monitoring in the temperate ocean, but further testing over longer periods of time is needed to determine if DNA remains well-preserved in the autonomous samplers at ambient ocean temperatures.

Cite this data as: Jeffery, N.W., Van Wyngaarden, M., and Stanley, R.R.E. Evaluating an Autonomous eDNA Sampler for Marine Environmental Monitoring: Short- and Long-Term Applications. Published: December 2024. Coastal Ecosystems Science Division, Maritimes Region, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth NS.

Learn more or download this dataset from the Government of Canada's Open data portal.

Nous avons évalué un échantillonneur autonome d'ADN environnemental (ADNe) fabriqués par Dartmouth Ocean Technologies Inc. (DOT, Dartmouth, Canada) par rapport au temps de filtration de l'échantillon en laboratoire afin de déterminer la performance des échantillonneurs amarrés pour la surveillance du milieu marin. Nous avons déployé trois échantillonneurs autonomes de DOT dans le bassin de Bedford (Canada) pendant neuf semaines à l’été et à l’automne 2023. Les échantillonneurs ont filtré l'eau de mer in situ lors d'entretiens programmés au cours de cette période, et nous avons recueilli des échantillons contemporains avec une pompe à vide standard au cours de chaque période d'échantillonnage. Les deux types d’échantillons d’ADNe ont capturé une diversité de poissons similaire, y compris la diversité type de l’Atlantique Nord-Ouest. La communauté d’invertébrés détectée à l’aide du marqueur COI était différente d’un type d’échantillon à l’autre, probablement en raison des différences dans la taille des pores du filtre. Nous avons constaté que l'encrassement biologique des échantillonneurs amarrés était minime au cours de la période d'étude, même dans une zone très fréquentée comme le bassin de Bedford, probablement en raison de la période expérimentale relativement courte et du filtre en cuivre couvrant les clapets d’entrée et de sortie des instruments. Dans l’ensemble, nos résultats sont prometteurs en ce qui concerne le déploiement d’échantillonneurs autonomes d’ADNe dans les aires marines de conservation pour contribuer à la surveillance dans l’océan tempéré, mais d’autres essais sur de plus longues périodes sont nécessaires pour déterminer si l’ADN demeure bien préservé dans les échantillonneurs autonomes à des températures océaniques ambiantes.

Citer ces données comme: Jeffery, N.W., Van Wyngaarden, M., and Stanley, R.R.E. Évaluation d’un échantillonneur autonome d’ADNe pour la surveillance du milieu marin : Applications à court et à long terme. Publié en Décembre 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).

Apprenez-en plus ou téléchargez cet ensemble de données à partir du portail de données ouvertes du gouvernement du Canada.

Map Name: Evaluating an Autonomous eDNA Sampler for Marine Environmental Monitoring Évaluation d’un échantillonneur autonome d’ADNe pour la surveillance du milieu marin

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Samples from DOTsampler and SmithRoot / Échantillons provenant de l'échantillonneur DOT et du SmithRoot (0)

Description: We evaluated an autonomous environmental DNA sampler produced by Dartmouth Ocean Technologies Inc (Dartmouth, Canada) compared to time-at-sample filtration in the laboratory to determine the performance of moored samplers for monitoring in the marine world. We deployed three autonomous samplers from DOT in the Bedford Basin (Canada) over a nine-week period in summer/fall 2023. The samplers filtered seawater in situ at programmed interviews over this time period, and we collected contemporaneous samples with a standard vacuum pump during each sampling period. Both eDNA sample types captured similar fish diversity, including typical diversity for the Northwest Atlantic. The invertebrate community detected using the COI marker was different between each sample type, likely due to differences in filter pore size. We found biofouling on the moored samplers was minimal over the study period, even in a high-traffic area such as the Bedford Basin, likely due to the relatively short experimental period, and copper screening covering in the inlet and outlet valves of the instruments. Overall, our results show promise to deploy autonomous eDNA samplers in marine conservation areas to contribute to monitoring in the temperate ocean, but further testing over longer periods of time is needed to determine if DNA remains well-preserved in the autonomous samplers at ambient ocean temperatures.Cite this data as: Jeffery, N.W., Van Wyngaarden, M., and Stanley, R.R.E. Evaluating an Autonomous eDNA Sampler for Marine Environmental Monitoring: Short- and Long-Term Applications. Published: December 2024. Coastal Ecosystems Science Division, Maritimes Region, Fisheries and Oceans Canada, Dartmouth NS.Learn more or download this dataset from the Government of Canada's Open data portal.Nous avons évalué un échantillonneur autonome d'ADN environnemental (ADNe) fabriqués par Dartmouth Ocean Technologies Inc. (DOT, Dartmouth, Canada) par rapport au temps de filtration de l'échantillon en laboratoire afin de déterminer la performance des échantillonneurs amarrés pour la surveillance du milieu marin. Nous avons déployé trois échantillonneurs autonomes de DOT dans le bassin de Bedford (Canada) pendant neuf semaines à l’été et à l’automne 2023. Les échantillonneurs ont filtré l'eau de mer in situ lors d'entretiens programmés au cours de cette période, et nous avons recueilli des échantillons contemporains avec une pompe à vide standard au cours de chaque période d'échantillonnage. Les deux types d’échantillons d’ADNe ont capturé une diversité de poissons similaire, y compris la diversité type de l’Atlantique Nord-Ouest. La communauté d’invertébrés détectée à l’aide du marqueur COI était différente d’un type d’échantillon à l’autre, probablement en raison des différences dans la taille des pores du filtre. Nous avons constaté que l'encrassement biologique des échantillonneurs amarrés était minime au cours de la période d'étude, même dans une zone très fréquentée comme le bassin de Bedford, probablement en raison de la période expérimentale relativement courte et du filtre en cuivre couvrant les clapets d’entrée et de sortie des instruments. Dans l’ensemble, nos résultats sont prometteurs en ce qui concerne le déploiement d’échantillonneurs autonomes d’ADNe dans les aires marines de conservation pour contribuer à la surveillance dans l’océan tempéré, mais d’autres essais sur de plus longues périodes sont nécessaires pour déterminer si l’ADN demeure bien préservé dans les échantillonneurs autonomes à des températures océaniques ambiantes.Citer ces données comme: Jeffery, N.W., Van Wyngaarden, M., and Stanley, R.R.E. Évaluation d’un échantillonneur autonome d’ADNe pour la surveillance du milieu marin : Applications à court et à long terme. Publié en Décembre 2024. Division de la science des écosystèmes côtiers, Région du Maritimes, Pêches et Océans Canada, Dartmouth, (N-É).Apprenez-en plus ou téléchargez cet ensemble de données à partir du portail de données ouvertes du gouvernement du Canada.

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Copyright Text: Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada; Coastal Ecosystem Science Division (CESD) / Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada; Division des sciences des écosystèmes côtiers (DSEC)

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