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Service Description: <div style='text-align:Left;'><div><div><p><span>To monitor marine invasive species distribution and broad taxonomic diversity in the subtidal fauna and flora of the DFO Maritimes region, metabarcoding of eDNA samples was performed at a total of 49 sites between 2021-2022. For each site, three 1-L amber bottles of seawater collected from ~1m above the benthos at each site was filtered with Sterivex 0.22-µm filters prior to DNA extraction with a Qiagen DNEasy Power Water Kit and sequencing with an Illumina NovaSeqtm6000 instrument (primers are included in metadata). Raw paired-end reads were merged with NGmerge v0.3 and denoised with DnoisE v1.4.1 (DnoisE settings are included in the metadata). Singletons were removed and remaining sequences were assigned to species-level by BLAST against a local copy of the nr/nt database (downloaded Nov 2023).</span></p><p><span>Cite this data as: Krumhansl K, Brooks C, Kingsbury S, DiBacco C (2025). Metabarcoding of Benthic Marine Communities in Nova Scotia and New Brunswick. Version 1.1. Fisheries and Oceans Canada. Occurrence dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=metabarcoding_benthic_marine_communities_in_novascotia_newbrunswick_2021&v=1.1</span></p><p style='margin:0 0 11 0;'><a href='https://open.canada.ca/data/en/dataset/5b21f2bb-7d89-4dd3-ace0-1f73b4757698' target='_blank' style='text-decoration:underline;'><span style='text-decoration:underline;'><span>Learn more or download this dataset from the Government of Canada's Open data portal.</span></span></a></p><p><span>Pour assurer un suivi de la répartition des espèces marines envahissantes et de la grande diversité taxonomique de la faune et de la flore subtidales dans la région des Maritimes de Pêches et Océans Canada, on a procédé au métacodage à barres d’échantillons d’ADN environnemental prélevés à 49 sites au total en 2021 et 2022. On a prélevé de l’eau de mer environ un mètre au-dessus du benthos à chaque site au moyen de trois bouteilles de verre ambré d’un litre. Ensuite, on a filtré cette eau au moyen de filtres Sterivex de 0,22 μm avant de procéder à l’extraction de l’ADN avec la trousse DNEasy Power Water de Qiagen et au séquençage de l’ADN avec l’instrument NovaSeqtm6000 d’Illumina (les amorces sont incluses dans les métadonnées). Les lectures brutes des extrémités appariées ont été fusionnées au moyen du programme NGmerge v0.3 et débruitées au moyen du logiciel DnoisE v1.4.1 (les paramètres utilisés sont inclus dans les métadonnées). On a retiré les singletons et attribué les séquences restantes au niveau de l’espèce en utilisant l’outil BLAST et une copie locale de la base de données nr/nt (téléchargée en novembre 2023).</span></p><p><span>Citer ces données comme: Krumhansl K, Brooks C, Kingsbury S, DiBacco C (2025). Metabarcoding of Benthic Marine Communities in Nova Scotia and New Brunswick. Version 1.1. Fisheries and Oceans Canada. Occurrence dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=metabarcoding_benthic_marine_communities_in_novascotia_newbrunswick_2021&v=1.1</span></p><p style='margin:0 0 11 0;'><a href='https://open.canada.ca/data/fr/dataset/5b21f2bb-7d89-4dd3-ace0-1f73b4757698' target='_blank' style='text-decoration:underline;'><span style='text-decoration:underline;'><span>Apprenez-en plus ou téléchargez cet ensemble de données à partir du portail de données ouvertes du gouvernement du Canada.</span></span></a></p></div></div></div>
Map Name: Metabarcoding of benthic marine communities in Nova Scotia and New Brunswick Métacodage à barres de communautés benthiques marines en Nouvelle-Écosse et au NouveauBrunswick
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Description: To monitor marine invasive species distribution and broad taxonomic diversity in the subtidal fauna and flora of the DFO Maritimes region, metabarcoding of eDNA samples was performed at a total of 49 sites between 2021-2022. For each site, three 1-L amber bottles of seawater collected from ~1m above the benthos at each site was filtered with Sterivex 0.22-µm filters prior to DNA extraction with a Qiagen DNEasy Power Water Kit and sequencing with an Illumina NovaSeqtm6000 instrument (primers are included in metadata). Raw paired-end reads were merged with NGmerge v0.3 and denoised with DnoisE v1.4.1 (DnoisE settings are included in the metadata). Singletons were removed and remaining sequences were assigned to species-level by BLAST against a local copy of the nr/nt database (downloaded Nov 2023).Cite this data as: Krumhansl K, Brooks C, Kingsbury S, DiBacco C (2025). Metabarcoding of Benthic Marine Communities in Nova Scotia and New Brunswick. Version 1.1. Fisheries and Oceans Canada. Occurrence dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=metabarcoding_benthic_marine_communities_in_novascotia_newbrunswick_2021&v=1.1Learn more or download this dataset from the Government of Canada's Open data portal.Pour assurer un suivi de la répartition des espèces marines envahissantes et de la grande diversité taxonomique de la faune et de la flore subtidales dans la région des Maritimes de Pêches et Océans Canada, on a procédé au métacodage à barres d’échantillons d’ADN environnemental prélevés à 49 sites au total en 2021 et 2022. On a prélevé de l’eau de mer environ un mètre au-dessus du benthos à chaque site au moyen de trois bouteilles de verre ambré d’un litre. Ensuite, on a filtré cette eau au moyen de filtres Sterivex de 0,22 μm avant de procéder à l’extraction de l’ADN avec la trousse DNEasy Power Water de Qiagen et au séquençage de l’ADN avec l’instrument NovaSeqtm6000 d’Illumina (les amorces sont incluses dans les métadonnées). Les lectures brutes des extrémités appariées ont été fusionnées au moyen du programme NGmerge v0.3 et débruitées au moyen du logiciel DnoisE v1.4.1 (les paramètres utilisés sont inclus dans les métadonnées). On a retiré les singletons et attribué les séquences restantes au niveau de l’espèce en utilisant l’outil BLAST et une copie locale de la base de données nr/nt (téléchargée en novembre 2023).Citer ces données comme: Krumhansl K, Brooks C, Kingsbury S, DiBacco C (2025). Metabarcoding of Benthic Marine Communities in Nova Scotia and New Brunswick. Version 1.1. Fisheries and Oceans Canada. Occurrence dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=metabarcoding_benthic_marine_communities_in_novascotia_newbrunswick_2021&v=1.1Apprenez-en plus ou téléchargez cet ensemble de données à partir du portail de données ouvertes du gouvernement du Canada.
Service Item Id: de8fc3c34f8842cb8677589beb529c30
Copyright Text: Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada; Coastal Ecosystem Science Division (CESD) / Gouvernement du Canada; Pêches et Océans Canada; Division des sciences des écosystèmes côtiers (DSEC)
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Document Info:
Title: Metabarcoding of benthic marine communities in Nova Scotia and New Brunswick / Métacodage à barres de communautés benthiques marines en Nouvelle-Écosse et au NouveauBrunswick
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Comments: To monitor marine invasive species distribution and broad taxonomic diversity in the subtidal fauna and flora of the DFO Maritimes region, metabarcoding of eDNA samples was performed at a total of 49 sites between 2021-2022. For each site, three 1-L amber bottles of seawater collected from ~1m above the benthos at each site was filtered with Sterivex 0.22-µm filters prior to DNA extraction with a Qiagen DNEasy Power Water Kit and sequencing with an Illumina NovaSeqtm6000 instrument (primers are included in metadata). Raw paired-end reads were merged with NGmerge v0.3 and denoised with DnoisE v1.4.1 (DnoisE settings are included in the metadata). Singletons were removed and remaining sequences were assigned to species-level by BLAST against a local copy of the nr/nt database (downloaded Nov 2023).Cite this data as: Krumhansl K, Brooks C, Kingsbury S, DiBacco C (2025). Metabarcoding of Benthic Marine Communities in Nova Scotia and New Brunswick. Version 1.1. Fisheries and Oceans Canada. Occurrence dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=metabarcoding_benthic_marine_communities_in_novascotia_newbrunswick_2021&v=1.1Learn more or download this dataset from the Government of Canada's Open data portal.Pour assurer un suivi de la répartition des espèces marines envahissantes et de la grande diversité taxonomique de la faune et de la flore subtidales dans la région des Maritimes de Pêches et Océans Canada, on a procédé au métacodage à barres d’échantillons d’ADN environnemental prélevés à 49 sites au total en 2021 et 2022. On a prélevé de l’eau de mer environ un mètre au-dessus du benthos à chaque site au moyen de trois bouteilles de verre ambré d’un litre. Ensuite, on a filtré cette eau au moyen de filtres Sterivex de 0,22 μm avant de procéder à l’extraction de l’ADN avec la trousse DNEasy Power Water de Qiagen et au séquençage de l’ADN avec l’instrument NovaSeqtm6000 d’Illumina (les amorces sont incluses dans les métadonnées). Les lectures brutes des extrémités appariées ont été fusionnées au moyen du programme NGmerge v0.3 et débruitées au moyen du logiciel DnoisE v1.4.1 (les paramètres utilisés sont inclus dans les métadonnées). On a retiré les singletons et attribué les séquences restantes au niveau de l’espèce en utilisant l’outil BLAST et une copie locale de la base de données nr/nt (téléchargée en novembre 2023).Citer ces données comme: Krumhansl K, Brooks C, Kingsbury S, DiBacco C (2025). Metabarcoding of Benthic Marine Communities in Nova Scotia and New Brunswick. Version 1.1. Fisheries and Oceans Canada. Occurrence dataset. https://ipt.iobis.org/obiscanada/resource?r=metabarcoding_benthic_marine_communities_in_novascotia_newbrunswick_2021&v=1.1Apprenez-en plus ou téléchargez cet ensemble de données à partir du portail de données ouvertes du gouvernement du Canada.
Subject: To monitor marine invasive species distribution and broad taxonomic diversity in the subtidal fauna and flora of the DFO Maritimes region, metabarcoding of eDNA samples was performed at a total of 49 sites between 2021-2022. / Pour assurer un suivi de la répartition des espèces marines envahissantes et de la grande diversité taxonomique de la faune et de la flore subtidales dans la région des Maritimes de Pêches et Océans Canada, on a procédé au métacodage à barres d’échantillons d’ADN environnemental prélevés à 49 sites au total en 2021 et 2022.
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Keywords: Biota,Environment,Oceans,Nova Scotia,New Brunswick,Genetics,Coastal waters,Marine Conservation Target,eDNA,metabarcoding,benthic marine communities,Biologie,faune et flore,Environnement,Océans,Nouvelle-Écosse,Nouveau-Brunswick,Génétique,Eaux côtières,Océan,Objectifs de Conservation Marine,ADNe,métacodage,communautés marines benthiques
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